ในเวลาบ้านเมืองปราศจากศึกสงครามได้ใช้เรือรบฝึกซ้อมกระบวนยุทธ์กันเป็นนิจ เพราะฉะนั้นเมื่อถึงฤดูน้ำหลากอันเป็นเวลาที่ราษฎรว่างจากการทำนา จึงเรียกระดมพลมาฝึกซ้อมกระบวนทัพเรือ โดยอาศัยฤดูกาลประจวบกับการทอดกฐิน พระเจ้าแผ่นดินจึงเสด็จพระราชดำเนินไปถวายพระกฐิน โดยกระบวนเรือรบแห่แหนเพื่อให้ไพร่พลได้รื่นเริงในการกุศล จึงจัดเป็นประเพณีที่แห่เสด็จกฐิน โดยกระบวนเรือยาวสืบมาจนทุกวันนี้
ในขณะเดียวกัน ยามบ้านเมืองสุขสงบว่างเว้นจากการงาน ชาวกรุงศรีอยุธยาก็หันมาเล่นเพลงเรือ แข่งเรือกันเป็นที่สนุกสนาน โดยเฉพาะพระเจ้าแผ่นดินกรุงสยามสมเด็จพระนารายณ์มหาราช เมื่อจะเสด็จแปรพระราชฐานไปยังหัวเมืองต่าง ๆ จะมีกระบวนเรือเพชรพวง ซึ่งเป็นริ้วกระบวนที่ใหญ่มาก จัดออกเป็น ๔ สาย และริ้วเรือพระที่นั่งตรงกลางอีก ๑ สาย ใช้เรือทั้งสิ้นไม่น้อยกว่าร้อยลำ ระหว่างการเคลื่อนกระบวนพยุหยาตราก็มีการเห่เรือพร้อมเครื่องประโคมจนเกิดเป็นวรรณกรรมร้อยกรองที่ไพเราะยิ่งคือ "กาพย์เห่เรือ" ซึ่งเจ้าฟ้าธรรมาธิเบศร์ ในสมัยพระเจ้าบรมโกศ ตอนปลายกรุงศรีอยุธยา ซึ่งบรรยายถึงความงดงามและลักษณะของเรือในกระบวนพยุหยาตราชลมารคครั้งนั้น และบทเห่เรือนี้ก็กลายเป็นแม่แบบของการแต่งกาพย์เห่เรือมาจนเท่าทุกวันนี้
บทเพลงทั้งร้อยแก้ว ร้อยกรอง อันไพเราะเพราะพริ้ง ให้กลมกลืนเข้ากับชีวิตความเป็นอยู่ประจำวันได้อย่างเหมาะเจาะ และลงตัวยิ่ง กล่าวคือไม่ว่าจะเป็นการเห่เรือ กระบวนหลวงของเจ้าฟ้า เจ้าแผ่นดิน การพายเรือ เห่เรือของเจ้านายและขุนนาง ในโอกาสที่จะเดินทางไปทอดกฐินตามวัดต่าง ๆ ในเวลากลางวัน และนัดกันไปทอดผ้าป่าในเวลากลางคืน การเห่เรือจึงไม่เพียงแต่ให้เกิดจังหวะการพายที่พร้อมเพรียงกัน ยังเป็นการแสดงถึงความรื่นรมย์หรรษาอีกด้วย
ลักษณะของเรือลำนี้มีความยาว ๑๗ วา ๓ ศอก กว้าง ๕ ศอก ๕ นิ้ว ลึก ๑ ศอก ๖ นิ้ว กำลัง ๖ ศอก ๖ นิ้ว พื้นท้องเรือภายนอกสีแดง กำลังฝีพาย ๖๕ คน โขนเรือแต่เดิมจำหลักไม้รูปพญาสุบรรณ หรือพญาครุฑยุตนาคเท่านั้น มีช่องกลมสำหรับติดตั้งปืนใหญ่อยู่ที่หัวเรือใต้ตัวครุฑ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหามงกุฎพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ มีพระราชดำริให้เสริมรูปพระนารายณ์ประทับยืนบนหลังพญาสุบรรณ เพื่อความสง่างามของลำเรือและเพื่อให้ต้องตามคติในเทพปกรณัมของศาสนาพราหมณ์ว่า พญาสุบรรณนั้นเป็นเทพพาหนะของพระนารายณ์ เทวรูปพระนารายณ์ที่สร้างขึ้นใหม่ในรัชกาลที่ ๔ นั้น สร้างด้วยไม้จำหลักปิดทองประดับกระจก องค์พระนารายณ์ทรงเครื่องภูษิตาภรณ์และมงกุฎยอดชัยพระพักตร์และพระวรกายประดับกระจกสีขาบ (สีน้ำเงินเข้ม) มี ๔ พระกร ทรงเทพศาสตราใน พระกรทั้ง ๔ คือ ตรี คทา จักร สังข์ ตามลักษณะในเทพปกรณัมของพราหมณ์ และโปรดเกล้าฯ ให้ขนานนามเรือลำนี้ใหม่ว่า "นารายณ์ทรงสุบรรณ"
จากหลักฐานประเภทบันทึกการจัดกระบวนพยุหยาตราทางชลมารคในสมัยรัตนโกสินทร์ พบหลักฐานการนำเรือพระที่นั่งมงคลสุบรรณหรือนารายณ์ทรงสุบรรณลำนี้เข้าร่วมในกระบวนพยุหยาตราทางชลมารคเป็นครั้งสำคัญ ๒ ครั้ง คือ กระบวนพยุหยาตราทางชลมารคในการเสด็จเลียบพระนครของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ เนื่องในการพระราชพิธีบรมราชาภิเษก เมื่อวันที่ ๒๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๓๙๔ ซึ่งในขณะนั้นเรือลำนี้ยังไม่มีการเสริมรูปพระนารายณ์ ทั้งยังคงมีชื่อมงคลสุบรรณ และอีกครั้งหนึ่งในการจัดกระบวนพยุหยาตราทางชลมารค เนื่องในการพระราชพิธีสถาปนาสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศ สยามมกุฎราชกุมาร เมื่อวันที่ ๑๙ มกราคม พ.ศ. ๒๔๒๙ ในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕
สันนิษฐานว่า ตัวเรือนารายณ์ทรงสุบรรณคงเสื่อมสภาพไปตามกาลเวลา จึงไม่พบหลักฐานการนำออกมาร่วมในกระบวนพยุหยาตราทางชลมารคในรัชกาลต่อๆ มา คงเหลือแต่โขนเรือ ซึ่งตามประวัติทราบว่ากระทรวงทหารเรือ เก็บรักษาไว้จนถึงปี ๒๔๙๖ จึงมอบให้กรมศิลปากรเก็บรักษาไว้ในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติจนถึงปัจจุบัน
โขนเรือนารายณ์ทรงสุบรรณเป็นประณีตศิลป์ชิ้นเอกชิ้นหนึ่งของสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ โดยเฉพาะในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่งานแกะสลักและปิดทองประดับกระจกได้พัฒนาไปจนถึงขั้นสูงสุด มีการคิดวิธีการประดับกระจก และลวดลายในการประดับกระจกขึ้นอีกหลายแบบ นอกจากนั้น โขนเรือลำนี้ยังมีความสำคัญในด้านความหมายต่อสถาบันพระมหากษัตริย์ไทยเป็นอย่างยิ่ง โดยเหตุที่ลักษณะอันงดงามของโขนเรือลำนี้สะท้อนคติความเชื่อในการเทิดทูนสมเด็จพระมหากษัตริยาธิราชของชาวไทยโบราณว่า ทรงเป็นสมมติเทพ คือปางอวตารของพระผู้เป็นเจ้า ตามคติของพราหมณ์ที่มีอิทธิพลต่อภูมิปัญญาและความเชื่อของคนไทยร่วมกับคติพุทธศาสนา พระผู้เป็นเจ้าในศาสนาพราหมณ์ที่ได้รับการเคารพบูชาอย่างยิ่งมีสองพระองค์ คือ พระอิศวร และพระนารายณ์ สำหรับคติความเชื่อในเรื่องสมมติเทพของคนไทยตั้งแต่โบราณนั้น ถือว่า องค์พระมหากษัตริย์ทรงเป็นปางอวตารขององค์พระเป็นเจ้าทั้งสองรวมอยู่ในพระองค์เดียวกัน แต่ความเป็น "พระนารายณ์เป็นเจ้า" ซึ่งเป็นเทพผู้คุ้มครองพิทักษ์รักษาโลกนั้น ดูจะได้รับการนำมาเป็นสาระของสัญลักษณ์และขนบราชประเพณีมากเป็นพิเศษ ดังเช่นการสร้างรูปพระนารายณ์ทรงสุบรรณเป็นลายหน้าบันพระอุโบสถของอารามหลวง หรือพระมหาปราสาทราชมณเฑียร
การสร้างรูปสัตว์อันเป็นเทพพาหนะคือ ครุฑและสัตว์อันเทพบัลลังก์คืออนันตนาคราชเป็นโขนเรือพระที่นั่งและเรือพระราชพิธีหลายลำ ตลอดจนการสร้างพระแสงจักรและพระแสงตรีเป็นเครื่องประกอบในพระแสงอัษฎาวุธ สำหรับพระองค์สมเด็จพระมหากษัตริย์เจ้าก็ล้วนเป็นการเทิดทูนและยกย่องพระองค์ ให้มีพระราชสถานะและพระบรมเดชานุภาพดุจองค์พระนารายณ์ทั้งสิ้น ดังนั้นการต่อเรือซึ่งมีโขนเรือเป็นรูปนารายณ์ทรงสุบรรณนี้น้อมเกล้าฯ ถวายในมหามงคลวโรกาสพระราชพิธีกาญจนาภิเษก จึงนับว่าเป็นการเหมาะสมเพราะเท่ากับเป็นการเทิดพระเกียรติและเสริมส่งพระบรมเดชานุภาพของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ตามคติธรรมเนียมที่บรรพชนไทยได้ยึดมั่นสืบต่อมาแต่โบราณ อนึ่งทรงพระกรุณาโปรดเกล้า พระราชทานนามเรือพระที่นั่งที่ต่อใหม่นี้ว่า "เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙" ซึ่งจักปรากฎเป็นสัญลักษณ์แห่งพระบรมเดชานุภาพและเป็นพระเกียรติยศสำหรับแผ่นดิน สืบไปชั่วกาลนาน