ปัจจัยที่เป็นสาเหตุของการเกิดนิ่วแบ่งเป็นสองชนิดคือ   ปัจจัยทางพันธุกรรมที่มีแต่กำเนิด   และปัจจัยทางสิ่งแวดล้อมที่ได้รับภายหลังกำเนิด

 ปัจจัยทางพันธุกรรมคือ เชื้อชาติ   พบโรคนิ่วในบางเชื้อชาติเป็นสัดส่วนที่สูงกว่าในเชื้อชาติอื่นเช่น   คนผิวขาวเป็นนิ่วมากกว่าคนผิวดำ ในอัฟริกาคนเชื้อสายอินเดียเป็นโรคนิ่วมากกว่าคนพื้นเมืองเชื้อสายผิวดำ ในประเทศไทยผู้ที่อยู่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือมีโอกาสเป็นนิ่วไตร้อยละ 10 ซึ่งใกล้เคียงกับในสหรัฐอเมริกา ญี่ปุ่น และยุโรปตะวันตก

 ปัจจัยทางสิ่งแวดล้อม มีหลายอย่างเช่น สภาพภูมิอากาศ การดื่มน้ำไม่เพียงพอ  ชนิด และปริมาณของอาหารที่รับประทานเป็นต้น

 ในการศึกษาอย่างต่อเนื่องเป็นเวลานานกว่า 10 ปี  ของคณะผู้วิจัยจาก คณะแพทยศาสตร ์  จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย     คณะแพทยศาสตร ์มหาวิทยาลัยขอนแก่น และ โรงพยาบาลศูนย์ขอนแก่นพบว่า อาหารเป็นปัจจัยที่สำคัญมากในการเกิดโรคนิ่วไตในคนไทย กล่าวคือ ชนิดของอาหารทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของ สารก่อนิ่ว สารยับยั้งนิ่ว และความเสื่อมสภาพของเซลล์เยื่อบุไต ซึ่งเป็นต้นเหตุที่สำคัญของการเกิดนิ่วในปัสสาวะ