>A:
ATAGAGACAGTTGTTATTTCATCAATTCATTCATTCAATTCTTCAATTAAAAGACAATTTATTATGCTACCTTTGTAC
AGTCAATATACTGCAGCTATTTAAATTTATTTCATGGAGCAGATCGACCTAAAATTATATTCAATAGGCCATGTTTT
TGTTAAACAGGTGAATAATCAATTTTGCCGAGTTCCTTTAAATTATATATATATAAATAATTTATATATTATTAAATA
TACTTTTATTACTAATTTAATCATTATCACTATATTTCAAAAATTAAAATATATATTTTTATAGAATAAATAAAATTT
AAAATTTAAATTTTTTAAATTAATAACTAAATTATTAAATTTTTTATATTAATAAAAAATATTAACTTCATAATATTA
TAAATAAAATCAAAAATTTTTATAAATAAATTTATAGTTTATCCCATAAATTTTTAATATAAAAATTAATACTATAAA
TAAATTTTAATGTATTAAAAATTTTATATCTAAATTAAATTTATTTCTAAAAAAACTAGATATCAATAACTTCGAATG
ACATTTAATCTCTAAATTTATATTTATAATTTTTATGCAACAAAAAAAATATTATAAACTTAGCTCACTTATTTTCGA
GATATTTAAATTTATTAAATAAATTTTAAT

>B:
ATAGAGACAGTTGTTATTTCATCAATTCATTCATTCAATTCTTCAATTAAAAGACAATTTATTATGCTACCTTTGTACA
GTCAATATACTGCAGCTATTTAAATTTATTTCATGGAGCAGATCGACCTAAAATTATATTCAATAGGCCATGTTTTTG
TTAAACAGGTGAATAATCAATTTTGCCGAGTTCCTTTAAATTATATATATATAAATAATTTATATATTATTAAATATAC
TTTTATTACTAATTTAATCATTATCACTATATTTTAAAAATTAAAATATATATTTTTATAGAATAAATAAAATTTAAAA
TTTAAATTTTTTAAATTAATAACTAAATTATTAAATTTTTTATATTAATAAAAAATATTAACTTCATAATATTATAAATA
AAATCAAAAATTTTTATAAATAAATTTATAGTTTATCCCATAAATTTTTAATATAAAAATTAATACTATAAATAAATTTT
AATGTATTAAAAATTTTATATCTAAATTAAATTTATTTCTAAAAAAACTAGATATCAATAACTTCGAATGACATTTAATC
TCTAAATTTATATTTATAATTTTTATGCAACAAAAAAAATATTATAAACTTAGCTCACTTATTTTCGAGATATTTAAATT
TATTAAATAAATTTTAAT

>C:
ATAGAGACAGTTGTTATTTCATCAATTCATTCATTCAATTCTTCAATTAAAAGACAATTTATTATGCTACCTTTGTACAG
TCAATATACTGCAGCTATTTAAATTTATTTCATGGAGCAGATCGACCTAAAATTATACTCAATAGGCCATGTTTTTGTT
AAACAGGTGAATAATCAATTTTGCCGAGTTCCTTTAAATTATATATATATAAATAATTTATATATTATTAAATATACTTT
TATTACTAATTTAATCATTATCACTATATCTTAAAAATTAAAATATATGTTTTTATAGAATAAATAAAATTCAAAATTTA
AATTTTTAAAAATTAATAACTAAATTATTAAATTTTTTATATTAATAAAAAATATTAACTTCATAATATTATAAATAAAA
TCAAAAATTTTTATAAATAAATTTATAGTTTATCCCATAAATTTTTAATATAAAAATTAATACTATAAATAAATTTTAAG
GTATTAAAAATTTTATATCTAAATTAAATTTATTTCTAAAAAAACTAGATATCAATAACTTCGAATGACATTTAATCTCT
AAATTTATATTTATAATTTTATTGCAACAAAAAAAATATTACAAATTTAGCTCACTTATTTTCGAGATATTTAAATTTATT
AAATAAATTTTAAT

>D:
ATAGAGACAGTTGTTATTTCATCAATTCATTCATTCAATTCTTCAATTAAAAGACAATTTATTATGCTACCTTTGTACAGT
CAATATACTGCAGCTATTTAAATTTATTTCATGGAGCAGATCGACCTAAAATTATACTCAATAGGCCATGTTTTTGTTAA
ACAGGTGAATAATCAATTTTGCCGAGTTCCTTTAAATTATATATATATAAATAATTTATATATTATTAAATATACTTTTATT
ACTAATTTAATCATTATCACTATATCTTAAAAATTAAAATATATGTTTTTATAGAATAAATAAAATTCAAAATTTAAATTTTT
AAAAATTAATAACTAAATTATTAAATTTTTTATATTAATAAAAAATATTAACTTCATAATATTATAAATAAAATCAAAAATT
TTTATAAATAAATTTATAGTTTATCCCATAAATTTTTAATATAAAAATTAATACTATAAATAAATTTTAAAGTATTAAAAATT
TTATATCTAAATTAAATTTATTTCTAAAAAAACTAGATATCAATAACTTCGAATGACATTTAATCTCTAAATTTATATTTATA
ATTTTATTGCAACAAAAAAAATATTACAAATTTAGCTCACTTATTTTCGAGATATTTAAATTTATTAAATAAATTTTAAT

>E:
TTAGAGACAGTTATTATTTCATTAATTCTTTCATACAATTCTTCAATTAAAAGACAATTTATTATGCTACCTTTGTACAGT
CAACATACTGCAGCTATTTAAAATAATTCATTGAGCAGATCGACCTAAAATTATAATCAACAGGACATGTTTTTGATAA
ACAGGTGAATAATATATTTGCCGAATTCCTTTAAATTATATAATACAAAATATCATTATAAAATATAACTTTATTACTAA
TCTAATCACTATTTCTATATTTTATTAATTAAAATATAAATTTTTATAGAAAAATAAAATATAAATTTAAATCATTATTAA
TTTATAAATATTAAATTATTAAATTATTAAAATTAAAGAAAAATATTATCTCTATAACATTAAAAATTAAAATTAAATTTT
TATCTTAAATTTATAGATTATCCCATAAATTTTTAATATAAAAATTAATAAATTAAAATAAAATTTAATTTACTAAAATAAT
TATATCTAAATTAAATTTATTTCTAAAAAAACTAGATATTAATAAGTTCGTTTAACATTTAATTTCTAAATCTATATTTATA
ATTTTATTGCTACAAAAAAAATAATATAAATTTAGCTCCCTTATTTTCGAGATATTTAAAATCATTAAATAAATTTTAAT

>Dyakuba:
AATGAAACAGTTAATATTTCGTCCAACCATTCATTCCAGCCTTCAATTAAAAGACTAATGATTATGCTACCTTTGCACA
GTCAAAATACTGCGGCCATTTAAAATTTTCAGTGGGCAGGTTAGACTTTATATATAATTCAAAAAGACATGTTTTTGTT
AAACAGGCGAACATTATTTTTGCCGAATTCTTTATTTAAACTTTTCATAAAAATTTATTTTAACAATATTATATACTAATT
CTATCATTATTACTTAATTTTAAATATTAAAATTAATATTTTAATAAATAATTAAAATTTAATAAATAATTTAATTTATAAA
ATAAATTATAACACATTTTTTAATAATTGCTAATTCTAAGCATATATTTATTAAATTTATTTATTATTTTTAAAAATTTATT
TTATAGCTTATCCCATAAAATATTAAAATTATAAATTATTTAATTAAATAAATAATTAAATAAATTTATAATTTCTAAATT
AAATTTATTTCTTAAAAAACTAGATACCTTTAAAAACGAATAACATTTCATTTCTAATATAATATTATAAATAATTTTGTC
ACATTAACTTAAATATTATATTAACTCTTTTAAAATCGAGAAAAATAAATATTTATTTTTTATTTAAT

1.1 Align the six mitochondrial sequences using Clustal W or Clustal X (Select an output file format after multiple alignment to be the PHYLIP format).
 

6  C_ D_ A_ B_ E_ Dyakuba_

662 ATAGAGACAG TTGTTATTTC ATCAATTCAT TCATTCAATT CTTCAATTAA  ATAGAGACAG TTGTTATTTC ATCAATTCAT TCATTCAATT CTTCAATTAA  ATAGAGACAG TTGTTATTTC ATCAATTCAT TCATTCAATT CTTCAATTAA ATAGAGACAG TTGTTATTTC ATCAATTCAT TCATTCAATT CTTCAATTAA TTAGAGACAG TTATTATTTC ATTAATTCTT TCATACAATT CTTCAATTAA  AATGAAACAG TTAATATTTC GTCCAACCAT TCATTCCAGC CTTCAATTAA AAGACAATTT ATTATGCTAC CTTTGTACAG TCAATATACT GCAGCTATTT  AAGACAATTT ATTATGCTAC CTTTGTACAG TCAATATACT GCAGCTATTT  AAGACAATTT ATTATGCTAC CTTTGTACAG TCAATATACT GCAGCTATTT  AAGACAATTT ATTATGCTAC CTTTGTACAG TCAATATACT GCAGCTATTT  AAGACAATTT ATTATGCTAC CTTTGTACAG TCAACATACT GCAGCTATTT  AAGACTAATG ATTATGCTAC CTTTGCACAG TCAAAATACT GCGGCCATTT  AAATTTATTT CATGGAGCAG ATC-GACCTA AAATTATACT CAATAGGCCA  AAATTTATTT CATGGAGCAG ATC-GACCTA AAATTATACT CAATAGGCCA  AAATTTATTT CATGGAGCAG ATC-GACCTA AAATTATATT CAATAGGCCA  AAATTTATTT CATGGAGCAG ATC-GACCTA AAATTATATT CAATAGGCCA  AAAAT-AATT CATTGAGCAG ATC-GACCTA AAATTATAAT CAACAGGACA  AAAAT--TTT CAGTGGGCAG GTTAGACTTT ATATATAATT CAAAAAGACA  TGTTTTTGTT AAACAGGTGA ATAATCAATT TTGCCGAGTT CCTTTAAATT  TGTTTTTGTT AAACAGGTGA ATAATCAATT TTGCCGAGTT CCTTTAAATT  TGTTTTTGTT AAACAGGTGA ATAATCAATT TTGCCGAGTT CCTTTAAATT  TGTTTTTGTT AAACAGGTGA ATAATCAATT TTGCCGAGTT CCTTTAAATT  TGTTTTTGAT AAACAGGTGA ATAATATATT T-GCCGAATT CCTTTAAATT  TGTTTTTGTT AAACAGGCGA ACATTATTTT T-GCCGAATT C-TTTATTTA  ATATATATAT AAATAATTTA TATATTATTA AATATACTTT TATTACTAAT  ATATATATAT AAATAATTTA TATATTATTA AATATACTTT TATTACTAAT  ATATATATAT AAATAATTTA TATATTATTA AATATACTTT TATTACTAAT  ATATATATAT AAATAATTTA TATATTATTA AATATACTTT TATTACTAAT  ATATA-ATAC AAAATATC-- ---ATTATAA AATATAACTT TATTACTAAT  AACTTTTCAT AAAAATTT-- ---ATT-TTA ACAATA-TTA TAT-ACTAAT  TTAATCATTA TCACTATATC TTAAAAATTA AAATATATGT TTTTATAGAA  TTAATCATTA TCACTATATC TTAAAAATTA AAATATATGT TTTTATAGAA  TTAATCATTA TCACTATATT TCAAAAATTA AAATATATAT TTTTATAGAA  TTAATCATTA TCACTATATT TTAAAAATTA AAATATATAT TTTTATAGAA  CTAATCACTA TTTCTATATT TTATTAATTA AAATATAAAT TTTTATAGAA  TCTATCATTA TTACTTAATT TTAAATATTA AAATTAATAT TTTAATA-AA  TAAATAAAAT TCAAAATTTA AATTTTTAAA AATTAATAA- --CTAAATTA  TAAATAAAAT TCAAAATTTA AATTTTTAAA AATTAATAA- --CTAAATTA  TAAATAAAAT TTAAAATTTA AATTTTTTAA A-TTAATAA- --CTAAATTA  TAAATAAAAT TTAAAATTTA AATTTTTTAA A-TTAATAA- --CTAAATTA  -AAATAAAAT ATAAA-TTTA AATCATTATT AATTTATAAA TATTAAATTA  TAATTAAAAT TTAA----TA AATAATT--T AATTTATAAA --ATAAATTA  TTAAATTTTT TATATTAATA AAAAATATTA ACTTCATAAT ATTATAAATA  TTAAATTTTT TATATTAATA AAAAATATTA ACTTCATAAT ATTATAAATA  TTAAATTTTT TATATTAATA AAAAATATTA ACTTCATAAT ATTATAAATA  TTAAATTTTT TATATTAATA AAAAATATTA ACTTCATAAT ATTATAAATA  TTAAATTATT AAAATTAAAG AAAAATATTA TCTCTATAAC ATTAAAAATT  TAACACATTT TTTAATAATT GCTAATTCTA AGCATATA-T TTATTAAATT  AAATCAAAAA TTTTTATAAA TAAATTTATA GTTTATCCCA TAAATTTTTA  AAATCAAAAA TTTTTATAAA TAAATTTATA GTTTATCCCA TAAATTTTTA  AAATCAAAAA TTTTTATAAA TAAATTTATA GTTTATCCCA TAAATTTTTA  AAATCAAAAA TTTTTATAAA TAAATTTATA GTTTATCCCA TAAATTTTTA  AAAATTAAA- TTTTTATCT- TAAATTTATA GATTATCCCA TAAATTTTTA  TATTTATTAT TTTTAAAAAT TTATTTTATA GCTTATCCCA TAAAATATTA  ATATAAAAAT TAATACTATA AA-TAAATTT TAAGGTATTA AAAATTTTAT  ATATAAAAAT TAATACTATA AA-TAAATTT TAAAGTATTA AAAATTTTAT  ATATAAAAAT TAATACTATA AA-TAAATTT TAATGTATTA AAAATTTTAT  ATATAAAAAT TAATACTATA AA-TAAATTT TAATGTATTA AAAATTTTAT  ATATAAAAAT TAATAAATTA AAATAAAATT TAATTTACTA AAATAATTAT  AAATTATAAA TTATTTAATT AAATAAA--T -AATTAAATA AATTTATAAT  ATCTAAATTA AATTTATTTC TAAAAAAACT AGATATCAAT AACTTCGAAT  ATCTAAATTA AATTTATTTC TAAAAAAACT AGATATCAAT AACTTCGAAT  ATCTAAATTA AATTTATTTC TAAAAAAACT AGATATCAAT AACTTCGAAT  ATCTAAATTA AATTTATTTC TAAAAAAACT AGATATCAAT AACTTCGAAT  ATCTAAATTA AATTTATTTC TAAAAAAACT AGATATTAAT AAGTTCGTTT  TTCTAAATTA AATTTATTTC TTAAAAAACT AGATACCTTT AAAAACGAAT  GACATTTAAT CTCTAAATTT ATATTT---A TAATTTTATT GCAACAAAAA  GACATTTAAT CTCTAAATTT ATATTT---A TAATTTTATT GCAACAAAAA  GACATTTAAT CTCTAAATTT ATATTT---A TAATTTTTAT GCAACAAAAA  GACATTTAAT CTCTAAATTT ATATTT---A TAATTTTTAT GCAACAAAAA  AACATTTAAT TTCTAAATCT ATATTT---A TAATTTTATT GCTACAAAAA  AACATTTCAT TTCTAATATA ATATTATAAA TAATTTTGTC ACATTAACTT  AAATATTACA AATTTAGCTC ACTTATTTTC GAGATATTTA AATTTATTAA  AAATATTACA AATTTAGCTC ACTTATTTTC GAGATATTTA AATTTATTAA  AAATATTATA AACTTAGCTC ACTTATTTTC GAGATATTTA AATTTATTAA  AAATATTATA AACTTAGCTC ACTTATTTTC GAGATATTTA AATTTATTAA  AAATAATATA AATTTAGCTC CCTTATTTTC GAGATATTTA AAATCATTAA  AAATATTATA ---TTAACTC TTTTAAAATC GAGAAAAATA AATAT-TTAT  ATAAATTTTA AT ATAAATTTTA AT ATAAATTTTA AT ATAAATTTTA AT ATAAATTTTA AT TTTTTATTTA AT

1.2 Calculate the distance matrix for these sequences using Kimura’s two parameter method (Use programme Dnadist in PHYLIP). The output file from Clustal are in an interleaved format but the species names are more than ten characters which are essentially required by PHYLIP. Accordingly, the output file from Clustal needs to be slightly adjusted and eventually, saved as a textfile.

6

1.3 Use the distance matrix obtained from 1.2 to construct a phylogenetic tree based on the neighbor-joining method (Use the programme Neighbor and select D. yakuba as an outgroup. After that, draw a phylogenetic tree using Drawtree).
 
 

6 Populations

Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.573c

Neighbor-joining method

Negative branch lengths allowed
 

+mitA  +--3  ! +mitB  +--4  ! ! +mitC  ! +--2  ! +mitD  !  --1-----mitE  !  +-------------------Dyakuba

remember: (although rooted by outgroup) this is an unrooted tree!

Between And Length
 

1 4  3 3 4  2 2 1 1

4 3  mitA mitB 2 mitC mitD mitE Dyakuba

0.04620 0.00360 0.00175 -0.00025 0.01120 0.00075 0.00075 0.09470 0.33740