การขุดหาพระรอดมีกันหลายครั้งหลายหน จนประมาณครั้งมิได้ เท่าที่สืบทราบมีดังนี้

- การพบกรุพระรอดในสมัยเจ้าหลวงเหมพินธุไพจิตร เมื่อปี ๒๔๓๕ - ๒๔๔๕

พระเจดีย์มหาวันชำรุดทรุดโทรมและพังทลายลงมาเป็นส่วนมาก ดังนั้น เจ้าเหมพินธุไพรจิตร จึงดำริให้มีการบูรณะปฏิสังขรณ์องค์พระเจดีย์ขึ้นใหม่ โดยการสร้างสวมครอบองค์เดิมลงไป ส่วนเศษปรักหักพังที่กองทับถมกันอยู่นั้น ได้จัดการให้โกยเอาไปถมหนองน้ำซึ่งอยู่ระหว่างหอสมุดของวัด โอกาสนั้นได้พบพระรอดเป็นจำนวนมากมายภายในกรุพระเจดีย์มหาวัน พระรอดส่วนหนึ่งได้รับการบรรจุ กลับคืนเข้าไปในพระเจดีย์ตามเดิม อีกส่วนหนึ่งมีผู้นำไปสักการบูชา และส่วนสุดท้ายได้ปะปนกับสร้างกรุและ เศษดินทรายจมอยู่ในหนองน้ำดังกล่าว

- การพบพระรอดในกรุสมัยเจ้าหลวง อินทรยงยศ ประมาณปี ๒๔๕๑

ครั้งนั้น เจ้าหลวงอินทรยงยศ ได้พิจารณาเห็นว่า มีต้นโพธิ์ขึ้นแทรกตรง บริเวณฐานมหาวัน และรากชอนลึกลงไปภายใน องค์พระเจดีย์มหาวัน ทำให้มีรอยร้าว ชำรุดหลายแห่ง จึงให้ช่างรื้อฐานรอบนอกพระเจดีย์ออกเสีย แล้วปฏิสังขรณ์ใหม่ การกระทำครั้งนี้พบพระรอดซึ่ง เจ้าเหมพินธุไพจิตรรวบรวม บรรจุไว้ในคราวบูรณะครั้งใหญ่ จำนวน ๑ กระเช้าบาตร ( ตะกร้าบรรจุข้าวตักบาตร ) จึงได้นำมาแจกจ่ายแก่บรรดาญาติวงศ์ ( เจ้าหลวงจักรคำ ขจรศักดิ์ ผู้เป็นบุตร ในสมัยนั้นยังเป็นหนุ่ม ก็ได้รับพระรอดจากเจ้าพ่อไว้เป็นจำนวนมาก และเป็นมรดกตกทอดกันมาจนถึงทุกวันนี้ ) ทั้งได้จัดพิธีสร้างพระรอดรุ่นใหม่ขึ้นบรรจุไว้แทน ส่วนฐานพระเจดีย์ที่ปฏิสังขรณ์ใหม่นั้นก็ขยายกว้างขึ้นกว่าเดิม

การขุดหาพระรอดในฤดูแล้ง นับแต่สมัยปฏิสังขรณ์มหาวันเจดีย์เป็นต้นมา นับวันยิ่งมีผู้ศรัทธาเลื่อมใสในคุณวิเศษของพระรอดอย่างกว้างขวางยิ่งขึ้น เพราะคุณวิเศษของพระรอดเป็นมหัศจรรย์อย่างสูงแก่ผู้มีไว้สักการบูชา จึงมีผู้พากันมาขุดหา พระรอดภายในบริเวณอุปจารของวัด ตรงบริเวณที่เคยเป็นแอ่งน้ำ ได้พระรอดขึ้นมาเป็นจำนวนมาก ต่อไปก็ขยายบริเวณการขุดออกไปอย่างกว้างขวางทั่วอุปจารของวัด และได้กระทำติดต่อกันมานานปีจนกลายเป็นประเพณีกลายๆ ของชาวลำพูน คือ ระหว่างเดือน ๔ ถึงเดือน ๖ ของทุกปี จะมีชาวบ้านมาขุดหาพระรอดกันในวัดมหาวัน จนพื้นที่ของวัดเต็มไปด้วยหลุมบ่อ ทางวัดจึงห้ามการขุด